Margarita fue descubierta por Cristóbal Colon en Agosto de 1498, en su tercer viaje. Colon en su recorrido llego a La Isla que se llama Cubagua, la cual por su gran cantidad de perlas encontradas en sus costas la llamó “la isla de las perlas”. Tantas perlas, encontradas en  las aguas cristalinas de Cubagua produjeron un movimiento migratorio desde la  Isla Española hacia Cubagua entre los años 1510 a 1515;  formándose  un primer núcleo poblador en la Isla de  Cubagua, dándosele él titulo en 1523 da Ciudad de Nueva Cádiz, la  cual tuvo ayuntamiento, buenas casas, templo propio, convento de franciscanos, llegando a tener en sus mejores momentos unos 1.000 habitantes.

Cuando Cubagua estaba en su pleno desarrollo, se encargo para una de las iglesias, una imagen de la madre de Dios. Según sus características es una imagen de la Inmaculada Concepción, según representación del siglo XVI. Es una imagen vestida y tiene solamente el busto (tronco, cabeza, brazos y manos, de madera);  Todo sostenido por cuatro soportes. En 1767 el Obispo Mariano Martí, ordeno reforzarla con una gruesa placa de plata. La Imagen tiene una  altura de 1,065 mts.

La Isla de Cubagua paso por terribles desastres que obligaron a sus vecinos a trasladarse a Margarita, se presume que en el año 1542 debido a estos desastres naturales y a las condiciones difíciles, por la  falta de agua, al agotarse la fuente perlífera de la Isla también se traslado la imagen de la Virgen María, hacia el Valle del Espíritu Santo del cual tomara su nombre. Construyéndole una pequeña ermita donde será venerada Nuestra Señora la Santísima Virgen Maria. La Imagen de la  Virgen fue recibiendo culto de los habitantes de la vecina villa del Espíritu Santo. Expuesta en su capilla los fieles frecuentaban para encomendarse a la Madre de Dios. De este modo la Imagen fue  adquiriendo fama y celebridad. Dándose con el correr de los años unas sucesivas reformas y reconstrucciones.

En el año 1585 el obispo de Puerto Rico Fray Diego de  Salamanca visito la Isla y nombró como capellán de la Iglesia del Valle donde se veneraba la Imagen de Maria Santísima Virgen al Padre Alonso de Saavedra Escobar. Como primer cura de la misma. Este sacerdote se encargo de restaurar el templo. Para el año 1605 se realizo una nueva reconstrucción del templo, con ayuda de los vecinos y dirigida por el  mayordomo de la Iglesia Diego García.

Para el año 1894 el Presbítero Joaquín Rivas inició la construcción de un nuevo santuario a la Virgen  del Valle, se demolió el antiguo templo, el  cual estaba en condiciones muy deplorables, obra que fue dirigida por el Ingeniero Carlos Monagas, en ello colaboraron también los fieles, para el año 1900 es nombrado Párroco de Nuestra Señora del Valle al Br. Eduardo de Jesús Vásquez, estuvo de párroco durante cuarenta años (1900-1940), continuo con la obra ya  comenzada salvando todas las  dificultades que se presentaron, para la realización del  mismo. Para 1901 construye el Baptisterio, para  1902 coloca el  pulpito donado por el Sr. Prospero Carrasquero,  terminando la culminación del Santuario  con la construcción de las dos torres. Los restos mortales de Mons. Eduardo Jesús Vásquez, fue el  Presbítero Corisanto mata Cova, el cual fue Obispote Cumana y Obispo de Ciudad Bolívar.

El Excelentísimo Sr. Dr. Antonio María Duran, Obispo de Guayana, de quien dependía Margarita presento los documentos e  informaciones testimoniales requeridas; y obtuvo el rescripto del 15 de agosto de 1910, por el cual el Eminentismo cardenal Arcipreste de la basílica Vaticana, a nombre de Su Santidad San Pío X, concedía la canónica coronación de la sagrada imagen de Nuestra Señora del Valle, y delegaba al Sr. Dr. Antonio Maria Duran, Obispo de Guayana, para  el 8 de septiembre de 1911 se realizo este acto.

Siendo Obispo de Guayana el Excelentísimo Sr. Sixto Sosa, en el año 1920, Diócesis que estaba conformada  por los territorios de los Estados Bolívar, Anzoátegui, Sucre, Monagas, Nueva Esparta, territorio federal del Amazonas y Delta Amacuro, a solicitud de los sacerdotes y fieles, el Obispo Sixto  Sosa elevo la petición a la Santa sede de que  fuera declarada patrona de la Diócesis de Guayana, a lo cual  la Santa sede contestó por medio de un decreto declarar a la Bienaventurada  Virgen Maria, Nuestra Señora del Valle como Patrona principal de la Diócesis de Guayana el 27 de abril de 1921, para el 8 de septiembre de ese año se escogió la solemne proclamación del patronato.

Otro de los trágicos acontecimientos que sufrió la imagen de nuestra señora del Valle fue la sustracción de la corona de oro,  robada el 19 de diciembre de 1907, según se cree, por unos cayeneses me merodeaban por la isla.

Frente a este hecho fue regalada otra corona de oro y una de plata dorada, la cual fue también robada en la noche del 4 de diciembre de 1921, la cual fue localizada en el puerto de Porlamar, un joven encuentra la corona de oro, destrozada faltándole algunas perlas, algunas piedras preciosas.

El día 12 de octubre de 1921, se realizaría la bendición del Hospital de la ciudad de Porlamar y se quiso que la Imagen de nuestra Señora del valle estuviera presente para esta bendición, por lo cual se traslado la imagen hasta Porlamar, fue la primera vez desde que la imagen fue llevada al Valle del Espíritu Santo que salía de su santuario.

La segunda salida tuvo lugar en 1948, ya Margarita pertenecía a la Diócesis de Cumana y estaba al frente de la Misma, Monseñor Rafael José Pulido, Administrador de la Diócesis de Cumana, el cual para celebrar los 300 años del descubrimiento de Margarita y por obtener  por mediación de Nuestra Señora del Valle, los favores del cielo, dispuso que la imagen de la virgen del valle recorriera todos los pueblos de la isla, saliendo en recorrido el día 8 de septiembre y regresando al santuario el 14 del mismo mes.

Himno a la Virgen del Valle

Prez y Gloria a la Virgen Sagrada,
que del Valle do reina el dolor.
A la Excelsa y divina morada
surgió en alas del célico amor.

De terribles martirios emblema,
circundada de célica luz.
En su áurea y hermosa diadema
brilla enhiesta y serena la Cruz.

La alma el nauta que el mar atraviesa
y el labriego en su pobre heredad,
los que luchan con brava entereza,
los que sufren con blanda humildad.

Letra: José Sixto Cedeño Serpa.